Kecamatan Kutaraja yang dibentuk berdasarkan Peraturan Kepala Daerah Istimewa Aceh nomor 45 tahun 1999 tentang Pembentukan Kecamatan Pembantu pada Daerah Kabupaten Aceh Besar, Aceh Selatan dan Daerah Kota Banda Aceh dengan status Kecamatan Pembantu, dan dengan Peraturan Daerah Kota Banda Aceh nomor 8 tahun 2000 tentang Pembentukan susunan organisasi dan tata kerja kecamatan, maka statusnya ditingkatkan dari Kecamatan Pembantu Kutaraja menjadi Kecamatan Kutaraja.
Kecamatan Kutaraja merupakan kecamatan pemekaran dari tiga kecamatan yaitu Meuraxa, Baiturahman dan Kuta Alam dengan wilayah mencakup 6 Gampong (Kelurahan/Desa), yaitu Gampong Keudah, Gampong Lampaseh Kota, Gampong Merduati, Gampong Jawa, Gampong Pande dan Gampong Peulanggahan.
Dan pada Kecamatan Kutaraja juga terdapat tonggak sejarah awal berdirinya Kota Banda Aceh yaitu persisnya terletak di Gampong Pande.